A primeira Igreja da Ajuda foi levantada em 1549, durante o processo de construção da cidade de Salvador pelo governador-geral Tomé de Sousa. Seus construtores foram os jesuítas, liderados por Manuel da Nóbrega, que levantaram um prédio com padrões simples, paredes de pau-a-pique e coberta de palha. A construção situava-se no centro da então cidade, que à época estava cercada por uma paliçada que protegia não apenas os colonos, mas também o território de invasões. A igreja recebeu o nome de Nossa Senhora da Ajuda em homenagem a uma das naus da frota de Tomé de Sousa.[1]
{Citar|nome=Rafaela|sobrenome=Araújo}