Os dados geográficos do Atlas Digital da América Lusa são apresentados no mapa interativo sobre camadas (layers) base referentes às caraterísticas físicas do terreno, como a topografia e a hidrografia. Elas servem como suporte contextual para os dados históricos apresentados pelo projeto.
O Atlas Digital da América Lusa faz uso das camadas produzidas pelo Natural Earth e disponibilizadas em domínio público com o formato Shapefile. Os layers utilizados são: