Diacronie1 em 08h33min de 20 de julho de 2021

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Diacronie1: Criou página com '{{articolo| nome=Elisa| cognome=Barisani| testo= Cytoscape è un software gratuito utilizzato in bioinformatica per la visualizzazione delle reti di interazione molecolare. A...'

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Cytoscape è un software gratuito utilizzato in bioinformatica per la visualizzazione delle reti di interazione molecolare. Anche se Cytoscape è stato inizialmente pensato per ricerche biologiche, ad oggi viene generalmente utilizzato per l’analisi e la visualizzazione di reti complesse<ref>«What is Cytoscape?», in Cytoscape, URL: < https://cytoscape.org/what_is_cytoscape.html > [consultato il 1° marzo 2021].</ref>. È possibile estendere le funzionalità del software attraverso una serie di plugin; esistono, per esempio, plugin per la profilatura delle reti molecolari, per importare nuovi layout, per il supporto di file aggiuntivi e per la connessione con i database. Ulteriori plugin possono inoltre essere sviluppati utilizzando l'architettura Cytoscape Open Java.

===Funzionalità e caratteristiche di Cytoscape===

====Importazione dei dati====

Cytoscape può importare file in diversi formati e dati in forma di edgelist e nodelist. In particolare, alcuni dei formati accettati da Cytoscape sono<ref></ref>:
* SIF (simple interaction file);
* NNF (nested network format);
* GML;
* Excel.

====Rappresentazione dei dati====

In Cytoscape la finestra principale è organizzata in quattro pannelli che possono essere visibili o nascosti:
* Pannello di controllo (a sinistra): consente la personalizzazione della visualizzazione del grafo;
* Pannello degli strumenti (in basso a sinistra): contiene le icone per le funzioni di uso comune che sono disponibili anche attraverso il menu;
* Pannello delle tabelle (in basso a destra): visualizza le colonne dei nodi e degli archi selezionati e permette di modificare i valori dei dati nelle colonne;
* Panello della rete (in alto a destra): in cui viene visualizzato il grafo della rete.

====Visualizzazione dei grafi====

In Cytoscape sono presenti numerose funzioni per personalizzare la visualizzazione di una rete sociale. È possibile scegliere tra i diversi layout predefiniti per la visualizzazione di una rete (come un layout a griglia, circolare ecc.) e aggiungere delle animazioni, ma è anche possibile ottenere ulteriori layout attraverso degli appositi plugin.
È inoltre possibile personalizzare lo stile dei nodi, degli archi e della rete in generale modificandone i colori, inserendo annotazioni e applicando filtri su alcune sezioni, e mappare i valori dei dati associati agli elementi dei grafi in grafi visuali, così come mappare attributi visuali (come tipo, colore e etichetta dei nodi) e mappare tipi (continui, discreti e etichette).

====Analisi di rete====

Cytoscape mette a disposizione numerose metriche statistiche di base per l’analisi delle reti sociali, come il calcolo dei gradi e la degree distribution, alcune misure di centralità, il coefficiente di clustering ecc.
Per applicare queste analisi, è sufficiente eseguire Analyzer (nella barra degli strumenti, Analyze Network) che esegue statistiche diverse su reti dirette e indirette. Una volta calcolati i risultati, questi vengono mostrati in un pannello apposito (Results Panel).

[[Arquivo:BARISANI Cytoscape 01.png|600px|thumb|center|Figura 1. Funzionamento di Cytoscape <ref>''Ibidem''.</ref>.]]

Una volta analizzata e modificata una rete è possibile salvare ed esportare i dati in vari formati diversi.

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 Una volta analizzata e modificata una rete è possibile salvare ed esportare i dati in vari formati diversi.
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 ====Importazione dei dati====
-Cytoscape può importare file in diversi formati e dati in forma di edgelist e nodelist. In particolare, alcuni dei formati accettati da Cytoscape sono<ref></ref>:
+Cytoscape può importare file in diversi formati e dati in forma di edgelist e nodelist. In particolare, alcuni dei formati accettati da Cytoscape sono<ref>AL-ASSADI, Luay, «Cytoscape basic features», URL: < https://www.slideshare.net/luay_mohammed/cytoscape-basic-features > [consultato il 15 marzo 2021].</ref>:
 * SIF (simple interaction file);
 * NNF (nested network format);

Cytoscape - Histórico de revisão

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