Cytoscape

De Cliomatica - Digital History
Tempo di lettura 4 minuti - per Elisa Barisani


Cytoscape è un software gratuito utilizzato in bioinformatica per la visualizzazione delle reti di interazione molecolare. Anche se Cytoscape è stato inizialmente pensato per ricerche biologiche, ad oggi viene generalmente utilizzato per l’analisi e la visualizzazione di reti complesse[1]. È possibile estendere le funzionalità del software attraverso una serie di plugin; esistono, per esempio, plugin per la profilatura delle reti molecolari, per importare nuovi layout, per il supporto di file aggiuntivi e per la connessione con i database. Ulteriori plugin possono inoltre essere sviluppati utilizzando l'architettura Cytoscape Open Java.

Funzionalità e caratteristiche di Cytoscape

Importazione dei dati

Cytoscape può importare file in diversi formati e dati in forma di edgelist e nodelist. In particolare, alcuni dei formati accettati da Cytoscape sono[2]:

  • SIF (simple interaction file);
  • NNF (nested network format);
  • GML;
  • Excel.

Rappresentazione dei dati

In Cytoscape la finestra principale è organizzata in quattro pannelli che possono essere visibili o nascosti:

  • Pannello di controllo (a sinistra): consente la personalizzazione della visualizzazione del grafo;
  • Pannello degli strumenti (in basso a sinistra): contiene le icone per le funzioni di uso comune che sono disponibili anche attraverso il menu;
  • Pannello delle tabelle (in basso a destra): visualizza le colonne dei nodi e degli archi selezionati e permette di modificare i valori dei dati nelle colonne;
  • Panello della rete (in alto a destra): in cui viene visualizzato il grafo della rete.

Visualizzazione dei grafi

In Cytoscape sono presenti numerose funzioni per personalizzare la visualizzazione di una rete sociale. È possibile scegliere tra i diversi layout predefiniti per la visualizzazione di una rete (come un layout a griglia, circolare ecc.) e aggiungere delle animazioni, ma è anche possibile ottenere ulteriori layout attraverso degli appositi plugin. È inoltre possibile personalizzare lo stile dei nodi, degli archi e della rete in generale modificandone i colori, inserendo annotazioni e applicando filtri su alcune sezioni, e mappare i valori dei dati associati agli elementi dei grafi in grafi visuali, così come mappare attributi visuali (come tipo, colore e etichetta dei nodi) e mappare tipi (continui, discreti e etichette).

Analisi di rete

Cytoscape mette a disposizione numerose metriche statistiche di base per l’analisi delle reti sociali, come il calcolo dei gradi e la degree distribution, alcune misure di centralità, il coefficiente di clustering ecc. Per applicare queste analisi, è sufficiente eseguire Analyzer (nella barra degli strumenti, Analyze Network) che esegue statistiche diverse su reti dirette e indirette. Una volta calcolati i risultati, questi vengono mostrati in un pannello apposito (Results Panel).


Figura 1. Funzionamento di Cytoscape [3].

Una volta analizzata e modificata una rete è possibile salvare ed esportare i dati in vari formati diversi.


Bibliografia e sitografia

  1. ↑ «What is Cytoscape?», in Cytoscape, URL: < https://cytoscape.org/what_is_cytoscape.html > [consultato il 1° marzo 2021].
  2. ↑ AL-ASSADI, Luay, «Cytoscape basic features», URL: < https://www.slideshare.net/luay_mohammed/cytoscape-basic-features > [consultato il 15 marzo 2021].
  3. ↑ Ibidem.



Citazione di questo articolo
Come citare: BARISANI, Elisa . "Cytoscape". In: CLIOMATICA - Portale di Storia Digitale e ricerca. Disponibile in: http://lhs.unb.br/cliomatica/index.php/Cytoscape. il giorno: 29/06/2024.






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